La iglesia mudéjar constaba de nave única de tres tramos, con capillas laterales entre los contrafuertes y ábside poligonal. En el siglo XVI se construye el coro a los pies y se cubre la torre con un pequeño cuerpo de óculos ciegos. La reforma más importante sucede en el siglo XVII, en época barroca. La iglesia transforma el coherente espacio interior mudéjar ampliando hacia los pies con la construcción de una nuevo coro, que consta de coro alto y coro bajo abierto a la nave mediante una triple arquería de medio punto sobre cuatro columnas salomónicas de mármol negro con capiteles corintios; además, en el lado de la Epístola se añade una nave lateral de escasa altura e iluminación, con cuatro tramos cubiertos por bóveda vaída sobre pechinas. Las capillas laterales son transformadas en arcos de comunicación con la nueva nave lateral, sustituyendo las primitivas bóvedas de cañón apuntado por cañón semicircular. La cubrición también cambia, se sustituye la bóveda de crucería sencilla mudéjar de la nave por una nueva bóveda de cañón con lunetos salvo en la cabecera y en el primer tramo de la nave, y los arcos perpiaños se decoran con yeserías de carácter barroco-mudéjar. Fruto de esa importante reforma barroca es la disposición actual del interior de la iglesia, se añaden numerosas capillas, la construcción de la sacristía, y la nueva portada barroca de Juan de Marca.
La portada, abierta en el último tramo de los pies en el lado del Evangelio, consta de dos partes: la inferior donde el acceso abre bajo un arco de medio punto flanqueado por pilastras decoradas con recuadros en resalte sobre las que se dispone un entablamento. En la parte superior una gran hornacina cobija el imponente grupo escultórico en yeso tallado de San Miguel Arcángel luchando contra el demonio, que se apodera del conjunto y contrasta con la sobriedad del resto de la portada. Remata el cuerpo superior un frontón en arco de medio punto rebajado. La portada está protegida por una gran venera.